CodonU

Subpackages

• CodonU.analyzer
  • CodonU.analyzer.aromaticity_comp
  • CodonU.analyzer.cai_comp
  • CodonU.analyzer.cbi_comp
  • CodonU.analyzer.enc_comp
  • CodonU.analyzer.generate_report
  • CodonU.analyzer.generate_report_summary
  • CodonU.analyzer.gravy_comp
  • CodonU.analyzer.internal_comp
  • CodonU.analyzer.rscu_comp
  • CodonU.analyzer.tRNA_comp
• CodonU.correspondence_analysis
  • CodonU.correspondence_analysis.build_contingency_table_aa_count
  • CodonU.correspondence_analysis.build_contingency_table_codon_count
  • CodonU.correspondence_analysis.build_contingency_table_codon_rscu
  • CodonU.correspondence_analysis.ca_aa
  • CodonU.correspondence_analysis.ca_codon
• CodonU.cua_errors
  • CodonU.cua_errors.bad_seq_err
  • CodonU.cua_errors.codon_table_exist_err
  • CodonU.cua_errors.codon_usage_err
  • CodonU.cua_errors.file_not_empty_err
  • CodonU.cua_errors.internal_stop_codon_err
  • CodonU.cua_errors.no_prot_err
  • CodonU.cua_errors.nucleotide_err
  • CodonU.cua_errors.ter_seq_err
  • CodonU.cua_errors.unsupported_db
  • CodonU.cua_errors.unsupported_type
• CodonU.cua_warnings
  • CodonU.cua_warnings.api_warn
  • CodonU.cua_warnings.ca_component_warn
  • CodonU.cua_warnings.codon_usage_warns
  • CodonU.cua_warnings.email_warn
  • CodonU.cua_warnings.missing_codon_warn
  • CodonU.cua_warnings.no_codon_warn
  • CodonU.cua_warnings.no_syn_codon_warn
• CodonU.extractor
  • CodonU.extractor.extract_cds
  • CodonU.extractor.extract_cds_lst
  • CodonU.extractor.extract_exome
  • CodonU.extractor.extract_prot
  • CodonU.extractor.internal_comp
• CodonU.file_handler
  • CodonU.file_handler.get_gb
  • CodonU.file_handler.internal_comp
  • CodonU.file_handler.make_dir
  • CodonU.file_handler.read_file
  • CodonU.file_handler.set_entrez_param
  • CodonU.file_handler.write_exome_fasta
  • CodonU.file_handler.write_nucleotide_fasta
  • CodonU.file_handler.write_protein_fasta
• CodonU.phylogenetic_analysis
  • CodonU.phylogenetic_analysis.clustal_o
  • CodonU.phylogenetic_analysis.clustal_w
  • CodonU.phylogenetic_analysis.generate_phylo_input
• CodonU.vizualizer
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_aa_freq_aa
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_aa_freq_gene
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_codon_freq_codon
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_codon_freq_gene
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_codon_rscu_codon
  • CodonU.vizualizer.plot_ca_codon_rscu_gene
  • CodonU.vizualizer.plot_enc
  • CodonU.vizualizer.plot_funcs
  • CodonU.vizualizer.plot_neutrality
  • CodonU.vizualizer.plot_phy_dnd
  • CodonU.vizualizer.plot_phy_fas
  • CodonU.vizualizer.plot_phy_nex
  • CodonU.vizualizer.plot_pr2